Tinh Võ Thần Quyết 2 kể về câu chuyện mấy trăm ngàn năm trước, khi Yêu Đế bị cường giả loài người đánh trọng thương và linh hồn phải trốn chạy. Linh hồn này đã cướp đi linh hồn và sống trong thân xác của Đế Vương loài người, khiến cho Đế quốc rơi vào tình trạng loạn chiến không ngừng, và trung thần mất đoàn kết. Tại đây, những cuộc gặp gỡ, tranh đấu và âm mưu được hé lộ, tạo nên một bức tranh phức tạp về sự đấu tranh giữa các phe phái để bảo vệ hoặc chiếm lấy quyền lực.